A gyakorlati fluoreszcens-vizsgálatokhoz fluoreszcens színezett kontrasztanyagot vagy autofluoreszcenciát (sugárzásra önmagától fluoreszkáló) kontrasztanyagot használnak. Szinte hihetetlen, hogy a fluoreszcens mikroszkópia alapjait több mint 100 éve, 1908-ban fektette le Carl Zeiss. A felhasználási terület sokrétu, de az elv azonos: megfelelo fluoreszcens kontrasztanyagok képesek magukat pl. antitestekhez kötni, mely segítségével a fertozött területek láthatóvá tehetok.

Az Epi-fluoreszcens-mikroszkóp felépítése szigorúan vett értelemben a metallurgiai mikroszkópéhoz hasonló: a médiumot felülrol, egy osztóprizma segítségével az objektíven keresztül világítjuk meg kék, vagy ultraibolya fénnyel. Ennek következményeképp a fluoreszcens reagens általában zöldes, vagy pirosas színnel saját maga kezd világítani (mint a klasszikus fluoreszkáló karórák néhány évtizeddel ezelott). Ezt követoen újra az osztóprizma felelos azért, hogy az információt hordozó (fluoreszkáló) fény az objektíven keresztül szemünkhöz jusson - míg a megvilágításért felelos fényt és annak reflexióit kizárja.

A szett az optikai és megvilágítóegységet tartalmazza. Fluoreszcens reagenseket nem forgalmazunk.